Trùng Khánh có nhiều loại động thực vật, trong đó có trên 6.000 loài thực vật bậc cao, trên 580 loài động vật có xương sống hoang dã trên mặt đất với gần 60 loài được bảo hộ trọng điểm cấp quốc gia. Tính đến cuối năm 2011, toàn thành phố Trùng Khánh có 61,18 triệu mẫu đất dùng cho lâm nghiệp, 48,21 triệu mẫu rừng, tỷ lệ che phủ rừng đạt 39%. Tổng trữ lượng gỗ rừng của Trùng Khánh là 150 triệu m³. Toàn Trùng Khánh có 78 công viên rừng, trong đó có 25 công viên rừng cấp quốc gia. Trùng Khánh có 52 khu bảo hộ tự nhiên cấp thành phố và cấp quốc gia, với diện tích 10,35 triệu mẫu.[51]